Sindirim sistemimiz  yemek borusu, mide, ince bağırsak, kolon ve rektum, pankreas, safra kesesi, safra kanalları ve karaciğerden oluşur. Dolayısıyle gastroenterolojinin ağızdan anüse kadar uzanan organların hastalıklarına  odaklandığı söylenebilir. Bu bilim dalı ile uğraşan doktorlara gastroenterolog denir. Bazı ülkelerde karaciğer ve safra kesesi bu gruptan ayrılarak ikinci bir uzmanlık alanı olarak hepatoloji gündeme gelir.

Bu bilimle uğraşan doktorlara ise hepatolog denir. Ülkemizde bu anlamda yasal bir ayırım yapılmamıştır. Gastroenterolog, hastalıkların yanı sıra  gıdaların mide ve bağırsaktaki hareketi, besinlerin sindirimi ve vücuda emilimi ve atıkların sistemden uzaklaştırılması da dahil olmak üzere gastrointestinal organların fizyolojisini iyi bilmektedir.

Peptik ülser, reflü, safra kesesi hastalıkları, hepatitler, kolon polipleri ve kanseri, alınan gıdaların emilmesinde bozukluklar  sık karşılaşılan gastrointestinal sistem hastalıklarıdır.