Kapalı sistemlerde hasta iki ucu açık tüp şeklindeki MR cihazının içine doğru hareket edebilen masaya uzanır. Radyoloji uzmanı ve teknikeri başka bir odadan hastayı izleyebilir ve mikrofon aracılığıyla iletişim kurabilir. Tetkik süresi 20 ila 60 dakika arasında değişmektedir. İşlem sırasında hastanın hareket etmesi görüntü kalitesini etkileyeceğinden görüntüleme süresi boyunca hastadan hareketsiz kalması istenir.

Kapalı MR tetkiklerinde hastanın en büyük sıkıntısı tünel gibi kapalı bir alanda yapılmasıdır.  Kapalı alan korkusu olan kişiler (klostrofobik), nefes darlığı çekenler ve kilo problemi olanlar kapalı MR çektiremeyebilir.

Açık MR sistemlerinde hastanın etrafı büyük oranda açık olduğundan çok daha rahat ve konforlu bir ortam sunar. Bu durum, özellikle de çocuk ve yaşlı hastalar için çok önemli bir avantaj teşkil eder.

Çocuk hastalarda anestezi gerekmeden tetkik yapılabilir ve hasta yakınları tetkik sırasında refakatçi olarak kalabilirler.